生物信息学软件(14)

各种生物信息学软件都有

基础理论讲授部分

1．结构域蛋白质组学基础

掌握结构域的概念，结构域蛋白组学的内涵及外延，以及其所涉及的重要生命科学领域（如：信号整合器Caveolae处的结构域互作、复合物中的结构域结合方式、复杂疾病相关的结构域作用、结构域与蛋白质折叠机制、结构域与蛋白质分子进化等）。

2．结构域分析方法和软件简介

着重讲述结构域分析方法及其原理：SMART数据库分析蛋白结构和功能入门，SANGER的Pfam数据库根据序列搜索结构域，NCBI维护的保守结构域数据库CDD。另外，了解结构域比对分析软件及其原理，蛋白质结构域注释工具(Webgestal在线分析软件等)等。

3．结构域相互作用公共数据库

主要介绍3DID、iPfam、InterDom、DIMA和DOM1NE等常用的结构域互作数据库。要求熟悉结构域相关数据库基础和应用。

科研实践讲授部分

应用（一）：相互作用结构域在功能蛋白组学研究中的应用

Human Protein Structural Interaction Network: Domain Effects on Network Topology and Protein Function （CHEN Li-Na,WANG Qian, SHANG Yu-Kui, ZHANG Liang-Cai, SUN Zhao, HE Wei-Ming, ZHAOYan, LI Wan, WANGHong, HE Yue-Han, LI Xia）

三、基于结构的功能预测及应用实例（4学时）

基础理论讲授部分

1．结构与功能基础

着重讲述结构决定功能，结构和功能预测技术（二级结构预测，识别结构域）等，基于结构信息预测PPI调控次序。

2．从蛋白质结构推断其功能的方法与分析软件

主要介绍根据序列预测功能的一般过程、通过比对数据库相似序列确定功能、序列特性预测疏水性和跨膜螺旋等、通过比对模序数据库等确定功能。蛋白质结构预测功能的分析软件主要介绍：二级结构预测分析PHD、三级结构预测Swiss-Model网站、折叠的识别技术TOPITS和Frsvr等。

科研实践讲授部分

应用（一）： 基于结构的蛋白质功能预测

Combining structure and sequence information allows automated prediction of substrate specificities within enzyme families.（Röttig M, Rausch C, Kohlbacher O）

应用（二）：结构域互作影响功能进而诱发人类遗传疾病研究实例

Protein interactions in human genetic diseases（Benjamin Schuster-Böckler and Alex Bateman）

四、结构生物信息学在复杂疾病研究中的应用（4学时）

基础理论讲授部分

1．蛋白质结构异常与疾病关系实质：介绍结构异常与疾病关系的本质，了解导致疾病的结构异常现象。

2．蛋白质结构异常与疾病关系

介绍现有的结构异常与疾病关系实例①蛋白质序列变化引发疾病，如镰刀形贫血症②蛋白质折叠错误引发的疾病，如阿尔兹海默症③疾病过程中的蛋白质相互作用，随着蛋白质精