分子生物学专业软件DNAMAN使用方法介绍(6)

生命科学专业软件DNAMAN使用方法介绍

链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。

Plot box 点阵图表显示参数，Position（起点坐标）Width（宽度值）Height（高度值）Frame size（边框线粗度值）Dot size（点粗度值）Gridline（虚线框数）。 参数设定好后，点击5．序列同源性分析 （1）两序列同源性分析

通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：

按钮执行操作。

参数说明如下：

Alignment method 比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值。（dna序列：k-tuple值可选范围2—6；蛋白质序列：k-tuple值可选范围1—3。 其它参数说明从略。 （2）多序列同源性分析

通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：