庆元元年(1195年)朱熹在朝廷的支持者赵汝愚受韩侂胄排挤被罢相位,韩势盛极一时。韩因朱熹曾参与赵汝愚攻击自己的活动,于是发动了一场抨击“理学”的运动。庆元二年叶翥上书,要求把道学家的书“除毁”,科举取士,凡涉程朱义理不取。监察御史沈继祖指控朱熹十罪,请斩。朱熹的得意门生蔡元定被逮捕,解送道州。一时理学威风扫地,被斥为“伪学”,朱熹被斥为“伪师”,学生被斥为“伪徒”。宁宗一改旧态,下诏命凡荐举为官,一律不取“伪学”之士。
庆元六年(1200年)三月初九,朱熹终于在家里忧愤而死,享年七十一岁。临死还在修改《大学诚意章》,可见他是如何矢志于树立自己的理学,然而生前终未如愿。
著作有《朱子大全》,《童蒙须知》。