广西普通野生稻的遗传多样性及分布特征(2)

时间：2026-01-15 来源：未知

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2634 中国农业科学 42卷

普通野生稻，地形种类包括喀斯特溶岩地貌区（南宁、柳州、桂林），河谷（百色）、丘陵（邕宁）和沼泽（桂东南地区）。北回归线穿越其中16个县，而这些县恰好是普通野生稻分布最密集、类型最丰富的地区[3]。由于经济建设用地的需要，农田的开垦，水利、道路的修建，大量土地被占用，严重威胁到野生稻的生存[4]。根据陈成斌等（个人通讯）2002－2007年对广西全区普通野生稻现状进行的调查结果，广西已有80%的普通野生稻原生地消失，尤其是贵港、桂平、南宁等原来有普通野生稻连片分布的地区，现已大面积消失。广西野生稻资源遗传多样性研究受到广大学者的关注。高立志等[5]的分析表明广西普通野生稻形态变异复杂，遗传多样性丰富。吴妙燊、陈成斌等[6]利用酯酶同功酶，余萍等[7]、盖红梅等[8]、任民等[9]、李亚非等[10]利用微卫星标记分析广西普通野生稻，发现酶谱类型及分子水平上野生稻遗传多样性丰富。Zhou等[11]，Gao等[12-16]，朱世华等[17]通过等位酶、微卫星及核糖体RNA限制性片段多态性比较广西与全国其他省区的普通野生稻，结果显示广西境内的普通野生稻遗传多样性显著高于其它省份。【本研究切入点】以往广西野生稻遗传多样性分析，多数局限从某一个地区[8-10]或从各地区零散选取实验材料[7,17]。即使有取材涉及范围较广的，一般所含居群数量也偏少，居群的基本信息不全。而且在聚类分析时与其它省份同时进行，没有突出广西境内的整体特点[11-16]。本研究从全区目前有普通野生稻分布的14个县级区域选择居群，居群内样本选择严格按照取样原则进行，样本量大，并且记录了居群的相关信息（如纬度、生境、与栽培稻的隔离情况等）。【拟解决的关键问题】通过对广西全境普通野生稻遗传多样性的分析，确定广西普通野生稻各分布地之间的遗传关系，探讨广西普通野生稻遗传多样性及地理分布特征。

至20 ng·µl-1备用。 1.3 SSR引物筛选

120对备选SSR引物的序列信息来自水稻基因组数据库，从备选引物中筛出扩增效果好、多态性高且均匀分布于水稻12条染色体的36对SSR引物用于本研究。 1.4 PCR扩增

PCR扩增在PTC-100扩增仪上进行，采用20 µl反应体系。10.5 µl ddH2O，2.5 µl 10×PCR Buffer（含20 mmol·L-1 Mg2+ ），2.5 µl dNTPs（2.0 mmol·L-1），2 µl Primer（2 μmol·L-1），0.5 µl Taq酶（2 U·L-1），4 µl DNA（20 ng·µl-1）。反应程序：94℃ 5 min，94℃ 1 min，56℃ 40 s（退火温度随引物而变），72℃ 1 min，程序运行35个循环，最后72℃ 延伸10 min。

电泳分析采用6%聚丙烯酰胺变性凝胶，在Bio-Rad凝胶测序系统上对PCR扩增产物进行电泳，经银染、显影等程序，获得扩增条带。选择扩增强且具有代表性的条带进行统计[19]，有带赋值“l”，无带赋值0。

1.5 遗传多样性评价

遗传多样性评价采用Sun等[20]和Nei等[21]提出的参数进行分析，每个位点的等位基因数（A）、平均每个位点的等位基因有效数目（Ae）、总居群遗传多样性（Ht）、居群内遗传多样性（Hs）、居群间遗传多样性（Dst）、居群间遗传分化系数（Gst）等参数对居群遗传学结构进行度量；用预期杂合度（He）、实际杂合度（Ho）、固定指数（F）、香农指数（I）来进行居群的遗传多样性度量。遗传多样性评价的重要参数公式如下：

（1）平均每个位点的预期杂合度He

He=∑Hi/n=∑(1 ∑qij2)/n

i=1

j=1

nnmi

1 材料与方法

1.1 供试材料

来自广西的自然居群27个，样本数共690份，这些材料来源包括最北的桂林雁山，最南面的北海市，西面的百色田东，中部的来宾、南宁、桂平，东部的贺州、玉林等县市。按居群分单株取嫩叶，放入硅胶干燥保存。取样居群信息见表1。 1.2 DNA的提取

DNA的提取采用SDS[18]法，利用紫外分光光度计测定浓度。0.8%琼脂糖检测DNA质量，用TE稀释

其中Hi为第i个位点是的预期杂合度，n为所测定的位点的总数，qij为第i个位点上第j个等位基因的频率，mi为第i个位点是测定到的等位基因的总数。（2）平均每个位点的实际杂合度Ho

Ho=∑(1 ∑qij)/n

i=1